病因不同
慢性胃炎是胃的器质性病变，也就是说有胃确实是有病变，常表现为粘膜糜烂或萎缩，胃镜诊断多为“慢性浅表性胃炎”、“糜烂性胃炎”或“萎缩性胃炎”，其病因多为幽门螺杆菌感染所致；而功能性消化不良，胃其实并没有真正的病变，常常是因为“胃娇气”所致，胃镜检查一般是胃粘膜充血水肿，也多诊断为“慢性浅表性胃炎”，其病因多与与胃感觉功能异常、胃动力障碍、肠胃反流、心理精神因素、胃黏膜炎症、内脏过敏、迷走神经张力低下等有关。许多病人到处看病，可能都是过于敏感所致胃的不适。
临床表现不同
慢性胃炎与功能性消化不良均可表现为上腹部(心窝处)隐痛不适，烧灼感，早饱或餐后饱胀感，心窝处常有压痛。从症状上很难区分两者的不同。但胃镜检查和内镜下病理活检组织学检查是有差异的：功能性消化不良一般只有胃粘膜充血水肿，病理活检粘膜常只有淋巴细胞浸润，表现为胃粘膜的慢性炎症；而慢性胃炎胃镜下常有糜烂病变，或粘膜变薄，结节不平，病理活检粘膜常有中性粒细胞浸润，表现为慢性粘膜炎伴急性炎或活动性炎，也可有萎缩性胃炎或肠上皮化生。
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