肠道运动亢进：促进肠蠕动亢进的副交感神经异常兴奋时，可导致肠运动异常，出现痉挛性收缩，可引起便秘或腹泻交替进行，排出被痉挛的结肠切割成的如羊粪一样的硬便。
肠道受到的刺激不足：饮食过少或食物中纤维素和水分不足，肠道受到的刺激量不足，不能引起结肠、直肠的反射性蠕动，结果食物残渣在肠内停留过久，水分被充分吸收，大便干燥，排出困难。西方流行的精神饮食多含有高营养物质，但缺乏纤维素，一次食用量很少，所以容易因肠道受到的刺激不足发生便秘。
排便动力缺乏：手术损伤了肛门部肌肉，年老体弱，久病或产后，致使膈肌、腹肌、提肛肌收缩力减弱，使排便动力缺乏，粪便不易排出，发生便秘。
肠壁的应激性减弱：腹泻之后，肠壁内神经感受细胞为对抗腹泻，保持正常生理，常可应激性降低排粪活动引起便秘。长期使用刺激性泻药也可减弱肠壁的应激性，导致便秘加重。
病理习惯性便秘原因，还是属于功能性的肠胃障碍，也就是找不到身体上实质的病变，多起因於紧张，压力大，肠胃蠕动失调，或者有便意忍便，形成恶性循环，导致习惯性便秘。习惯性便秘，又称功能性便秘。习惯性便秘常见于原发性肠蠕动功能异常，大便蠕动输送延缓或巨结肠等。
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