1.功能性消化不良：不适症状易与胃溃疡相混淆，患者有嗳气、反酸、呃逆、恶心、呕吐或气胀等症状，部分患者中上腹不适感、胃灼热或疼痛等，但疼痛部位多不固定，可因精神因素诱发或加重。症状可经内科抗溃疡药治疗而好转，但不能达到完全的症状缓解。胃镜和钡餐检查多无阳性发现，属功能性。
2.慢性胃、十二指肠炎：有慢性无规律性上腹痛症状，胃镜检查发现慢性胃窦炎和十二指肠球炎，但无溃疡。
3.胃溃疡恶变或胃癌：早期胃癌可以没有显著症状，或表现的症状缺乏特征性，如消化不良，食欲不振，中上腹饱胀不适等。体检和化验检查亦常无发现。最重要的鉴别诊断方法是胃镜加活检和钡餐检查，胃镜检查时需作活检，明确良恶性。
4.胃泌素瘤（卓-艾综合征）：是胰腺δ细胞分泌大量胃泌素所致，是少见的消化性溃疡类型。一切顽固性、暴发性胃十二指肠溃疡，常规内科治疗未能控制者，须考虑胃泌素瘤的可能。诊断要点是：
①BAO>15mmol/h，BAO/MAO>0.6;
②X线检查示非典型位置溃疡，特别是多发性溃疡；
③难治性溃疡，易复发；
④伴腹泻；
⑤血清胃泌素增高>200pg/ml（常>500pg/ml）。
5.胃黏膜脱垂症：由于黏膜脱垂常间歇性出现或加重，故亦可有间歇性上腹痛。但本病无消化性溃疡的节律性疼痛，服用抗酸药亦不能使疼痛缓解。患者取左侧卧位时可使疼痛缓解。X线钡餐透视下显示十二指肠球部有“香蕈状”或“降落伞状”缺损阴影。
6.其他：
①并发大出血时还需与门脉高压症所致的食管胃底静脉破裂出血相鉴别。
②并发穿孔时还应与各种常见急腹症相鉴别，如胆囊炎、胰腺炎、阑尾炎、胆道疾患、肠梗阻等。
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