目前最常用的药物分为以下4类：
水杨酸类药物：这类药物最便宜的是柳氮磺胺吡啶，口服后需要人体肠内细菌的帮助才能分解为5-氨基水杨酸发挥治疗作用，但是分解的另一种药物成份磺胺吡啶则对肝脏可能会有损害，因此服用该类药物的患者最后不要同时服用抗生素，并每月定期检查肝功能转氨酶。为了避免这种副作用，推出了纯化的5-氨基水杨酸并精心包装使其不被胃酸破坏只在结肠病变部分释放发挥作用，由于这种制备工艺的提高，药品相应也较贵。这些药物可以口服，也可以塞肛，它们能够改变患者机体的功能，延缓炎症的进程。这类药物对轻到中度的溃疡性结肠炎有效果，同时，也可预防该疾病的再发。
糖皮质激素：这类药物主要有口服制剂强的松，重症患者也可短期使用静脉制剂。因为它的副作用较多，不推荐作为长疗程治疗或维持治疗。在选用该类药物时医生可能会就其疗效和副作用与患者详细讨论。
免疫调节剂：这类药物包括硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤6-MP、环孢霉素。药物通过抑制机体的免疫系统来控制炎症的继续发展。免疫调节剂适用于那些对氨基水杨酸类药物和糖皮质激素使用无效或部分有效的患者，也是目前维持治疗最好的药物之一。它也可用于减轻或消除患者对糖皮质激素的依赖。当患者对其他药物无反应时，它可能对维持疾病的缓解起作用。但该类药物一般服用3月左右开始起效，部分患者易出现白细胞降低。
生物治疗：这是一类最新的治疗炎症性肠病的药物。相对于其他药物，它是一种疗效较高的一种药物，主要是阻断肠粘膜炎症反应的”开关”。这种药物起效快，能达到粘膜的长期修复，减少复发，可以帮助类固醇撤药，也是缓解期的维持用药。
药物治疗往往是长期的，因此医生在制订治疗方案是常根据患者的个体情况、疾病的分期、是否有并发症、经济状况等选择不同的个体化用药案。
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