腹痛是本病常见症状之一，疼痛多位于右下腹，反映出肠结核好发于回盲部的病理特征;然而也可在中上腹或脐周，系回盲部病变引起的牵涉痛，经仔细检查可发现右下腹压痛点，疼痛性质一般为隐痛或钝痛，有时在进餐时诱发，由于回盲部病变使胃回肠反射或胃结肠反射亢进，进食促使病变肠曲痉挛或蠕动加强，从而出现疼痛与排便，便后可有不同程度的缓解，在增生型肠结核或并发肠梗阻时，有腹绞痛，常位于右下腹，伴有腹胀，肠鸣音亢进，肠型与蠕动波。
大便习惯异常由于病变肠曲的炎症和溃疡使肠蠕动加速，肠排空过快，以及由此造成的继发性吸收不良，因此腹泻是溃疡型肠结核的主要临床表现之一，腹泻常具有小肠性特征，粪便呈糊样或水样，不含黏液或脓血，不伴有里急后重，一般每天排便约2～4次，如果病变严重，涉及范围较广，则腹泻次数增多，有达每天十余次者，溃疡涉及乙状结肠或横结肠时，大便可含黏液，脓液，但便血者少见，此外，间有便秘，大便呈羊粪状，腹泻与便秘交替，在增生型肠结核多以便秘为主要表现。
腹部肿块主要见于增生型肠结核，系极度增生的结核性肉芽肿使肠壁呈瘤样肿块，在少数溃疡型肠结核合并有局限性结核性腹膜炎者，因其病变肠曲和周围组织粘连，或包括有肠系膜淋巴结结核，也可出现腹部肿块，腹部肿块常位于右下腹，一般比较固定，中等质地，伴有轻重不等的压痛。
全身症状和肠外结核的表现常有结核毒血症，以溃疡型肠结核为多见，表现轻重不一，多数为午后低热或不规则热，弛张热或稽留热，伴有盗汗，患者倦怠，消瘦，苍白，随病程发展而出现维生素缺乏，脂肪肝，营养不良性水肿等表现，此外，也可同时有肠外结核，特别是肠系膜淋巴结结核，结核性腹膜炎，肺结核的有关表现，增生型肠结核一般病程较大，但全身情况较好，无发热或有时低热，多不伴有活动性肺结核或其他肠外结核证据。
腹部体征无肠穿孔，肠梗阻或伴有腹膜结核或增生型肠结核的病例，除在右下腹部及脐周有压痛外，通常无其他特殊体征。
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